KERAGAMAN GENETIK 22 AKSESI PADI LOKAL TORAJA UTARA BERBASIS MARKA SIMPLE SEQUENCE REPEATS (SSR)

Holy Ekklesia Ladjao, Rinaldi Sjahril, Muh. Riadi

Abstract


Genetic Diversity of 22 Local Rice Accessions from North Toraja Based on Simple Sequence Repeats (SSR) Markers


ABSTRACT

One way to explore the potential of local rice is by the characterization that could obtain genetic diversity of that plants. The aim of this study was to obtain the genetic diversity of 22 local rice accession from North Toraja. Twenty-two of local rice accessions from North Toraja were characterized by 30 SSR markers and using NTSYS pc 2.1 program to analyze genetic diversity. The results showed that twenty-six SSR markers that had been analyzed produced some alelles with a size between 106.75-311 bp, the average number of alleles were 3 and the polymorphism rate was 0.53. On coefficient genetic similarity at 0.38, the population formed three clusters. Cluster I and II were dominated by rice that had no hair on the tip of the grain and cluster III were dominated by rice that had hair on the tip of the grain. There were 105 opportunities to crossing between accessions when the genetic distance was above 0.7.

Keywords: genetic diversity, local rice, North Toraja, polymorphism rate, SSR markers

 

ABSTRAK

Salah satu cara untuk menggali potensi padi lokal adalah dengan karakterisasi. Dengan adanya kegiatan karakterisasi tersebut maka dapat diketahui bagaimana keragaman genetik dari suatu tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dari 22 aksesi padi lokal Toraja Utara. Duapuluh dua aksesi padi lokal Toraja Utara dikarakterisasi menggunakan 30 marka SSR dan dianalisis keragaman genetiknya menggunakan program NTSYS pc 2.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa duapuluh enam marka SSR yang dianalisis memiliki kisaran ukuran alel antara 106.75-311 bp, dengan jumlah alel rata-rata 3 dan tingkat polimorfisme sebesar 0,53. Koefisien kemiripan genetik 0,38 dan terbentuk 3 klaster. Pada klaster I dan klaster II didominasi oleh padi yang tidak memiliki rambut pada ujung gabahnya, dan pada klaster III didominasi oleh padi yang memiliki rambut pada ujung gabahnya. Selain itu, pada jarak genetik diatas 0,7 terdapat 105 peluang persilangan.

Kata Kunci: keragaman genetik, marka SSR, padi lokal, tingkat polimorfisme, Toraja Utara


Keywords


keragaman genetik; marka SSR; padi lokal; tingkat polimorfisme; Toraja Utara

Full Text:

PDF

References


Anderson JA, Churchill GA, Autrique JE, Tanksley SD, Sorrells ME (1993) Optimizing parental selection for genetic linkage maps. Genome 36:181-186. doi: 10.1139/g93-024

Anggraheni YGD dan Mulyaningsih ES (2017) Eksplorasi marka SSR terpaut sifat toleransi padi gogo terhadap aluminium. J Biol Indones 13:97-106

Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW (1980) Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am J Hum Genet 32:314-331

Chaerani, Hidayatun N, Utami DW (2009) Pengembangan set multipleks penanda DNA mikrosatelit untuk analisis variasi genetik padi dan kedelai. J AgroBiogen 5:57-64. doi: 10.21082/jbio.v5n2.2009.p57-64

Chaerani, Utami DW, Hidayatun N, Abdullah B, Suprihatno B (2014) Asosiasi antara marka SSR dengan ketahanan terhadap wereng batang coklat pada varietas dan calon galur harapan padi. J Entomol Indones 11:43-52. doi: 10.5994/jei.11.1.43

Chen MH, Bergman C, Pinson S, Fjellstrom R (2008) Waxy gene haplotypes: Associations with apparent amylose content and the effect by the environment in an international rice germplasm collection. J Cereal Sci 47:536-545. doi: 10.1016/j.jcs.2007.06.013

Efendi R, Musa Y, Farid MB, Rahim MD, Azrai M, Pabendon MB (2015) Seleksi jagung inbrida dengan marka molekuler dan toleransinya terhadap kekeringan dan nitrogen rendah. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 34:43-53. doi: 10.21082/jpptp.v34n1.2015.p43-53

Fatimah, Herlina L, Silitonga TS (2016) Genetic diversity and trait association analysis of Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using SSR markers. J Biotropia 23:105-115. doi: 10.11598/btb.2016.23.2.489

George MLC, Regalado E, Li W, Cao M, Dahlan M, Pabendon M, Warburton ML, Xianchun X, Hoisington D (2004) Molecular characterization of Asian maize inbred lines by multiple laboratories. Theor Appl Genet 109: 80-91. doi:10.1007/s00122-004-1626-8

Gramene (2006) Panel of 50 standard SSR markers. http://archive.gramene.org/markers/microsat/50_ssr.html. Accessed 26 July 2018

Gross BL dan Zhao Z (2014) Archaeological and genetic insights into the origins of domesticated rice. PNAS. 111:6190-6197. doi: 10.1073/pnas.1308942110

Juhriah, Masniawati A, Tambaru E, Sajak A (2013) Karakterisasi morfologi malai padi lokal asal Kabupaten Tana Toraja Utara, Sulawesi Selatan. J Sainsmat 2:22-31. doi: 10.2685/sainsmat217492013

Khan IA, Awan FS, Ahmad A, Khan AA (2004) A modified mini-prep method for economical and rapid extraction of genomic DNA in plants. Plant Mol Biol Rep 22:89. doi: 10.1007/BF02773355

Konda V, Suryono, Gosal PH (2017) Pengaruh layanan terminal bolu di Kecamatan Tallunglipu terhadap pertumbuhan wilayah Kabupaten Toraja Utara. J Spasial 4: 67-78

Kristamtini, Taryono, Basunanda P, Murti RH (2014) Keragaman genetik kultivar padi beras hitam lokal berdasarkan penanda mikrosatelit. J AgroBiogen 10:69-76. doi: 10.21082/jbio.v10n2.2014.p69-76

Las I, Suprihatno B, Daradjat AA, Suwarno, Abdullah B, Satoto (2004) Inovasi teknologi varietas unggul padi: Perkembangan, arah, dan strategi ke depan. Hal 375-395. Dalam: Kasryno F, Pasandaran E, Fagi AM (Eds). Ekonomi Padi dan Beras di Indonesia. Jakarta: Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Departemen Pertanian, Jakarta

Lestari P, Ham TH, Lee HH, Woo MO, Jiang W, Chu SH, Kwon SW, Ma K, Lee JH, Cho YC, Koh HJ (2009) PCR marker-based evaluation of the eating quality of japonica rice (Oryza sativa L). J Agric Food Chem 57:2754–2762. doi: 10.1021/jf803804k

Limbongan Y dan Djufry F (2015) Karakterisasi dan observasi lima aksesi padi lokal dataran tinggi Toraja, Sulawesi Selatan. Bul Plasma Nutfah 21:61-70

Makkulawu AT, Aswidinnoor H, Trikoesoemaningtyas, Koswara J (2009) Estimasi jarak genetik galur jagung pulut berbasis marka mikrosatelit dan korelasinya dengan karakter morfologi. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 28:7-16

Maulana Z, Kuswinanti T, Sennang NR, Syaiful SA (2014) Eksplorasi keragaman plasma nutfah padi lokal asal Tana Toraja dan Enrekang berdasarkan karakterisasi morfologi. Hal 347-352. Prosiding SEMNAS 2014. UNMAS Press, Denpasar

Molina J, Sikora M, Garud N, Flowers JM, Rubinstein S, Reynolds A, Huang P, Jackson S, Schaal BA, Bustamante CD, Boyko AR, Purugganan MD (2011) Molecular evidence for a single evolutionary origin of domesticated rice. PNAS 108:8351-8356. doi: 10.1073/pnas.1104686108

Mulsanti IW, Surahman M, Wahyuni S, Utami DW (2013) Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 32:1-8. doi: 10.21082/jpptp.v32n1.2013.p1-8

Putra OD, Samudin S, Lakani I (2014) Karakterisasi genotip padi lokal Kamba asal dataran Lore. J Agrotekbis 2:146-154

Reflinur dan Lestari P (2015) Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA. J Litbang Pert 34:177-186. doi: 10.21082/jp3.v34n4.2015.p177-186

Rohaeni WR, Susanto U, Yunani N, Usyati N, Satoto (2016) Kekerabatan beberapa aksesi padi lokal tahan hama penyakit berdasarkan analisis polimorfisme marka SSR. J AgroBiogen 12:81-90

Sitaresmi T, Wening RH, Rakhmi AT, Yunani N, Susanto U (2013) Pemanfaatan plasma nutfah padi varietas lokal dalam perakitan varietas unggul. Iptek Tanaman Pangan 8:22-30

Sukartini (2008) Analisis jarak genetik dan kekerabatan aksesi-aksesi pisang berdasarkan primer random amplified polymorphic DNA. J Hort 18:261-266. doi: 10.21082/jhort.v18n3.2008.p%25p

Susanto U, Rohmah NA, Mejaya MJ (2015) Distinguishing rice genotypes using morphological, agronomical, and molecular markers. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 34:79-87. doi: 10.21082/jpptp.v34n2.2015.p79-87

Thomson MJ, de Ocampo M, Egdane J, Rahman MA, Sajise AG, Adorada DL, Tumimbang-Raiz E, Blumwald E, Seraj ZI, Singh RK, Gregorio GB, Ismail AM (2010) Characterizing the Saltol quantitative trait locus for salinity tolerance in rice. Rice 3:148-160. doi: 10.1007/s12284-010-9053-8

Utami DW, Kristamtini, Prajitno (2009) Karakterisasi plasma nutfah padi beras merah lokal asal provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan karakter morfo-agronomi dan marka SSRs. Zuriat 20:10-18

Utami DW, Sutoro, Hidayatun N, Risliawati A, Hanarida I (2011) Keragaman genetik 96 aksesi plasma nutfah padi berdasarkan 30 marka SSR terpaut gen pengatur waktu pembungaan (HD Genes). J AgroBiogen 7:76-84. doi: 10.21082/jbio.v7n2.2011.p76-84

Zulfahmi (2013) Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. J Agroteknologi 3:41-52. doi: 10.24014/ja.v3i2.87





DOI: http://dx.doi.org/10.29122/jbbi.v5i2.3031

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


© Copyright: BY-NC-SA